《魂之炼金术师》是一款指令式战斗RPG游戏。故事描述透过炼金术而诞生超越人类力量及能力的人工生命「幻影」。由於那恐怖的力量使得世界各国决定禁止「幻影」的生产。但是，帝国利用了「幻影」强大的战斗力开始向世界各国侵略。由於能与幻影对抗的只有幻影。其他国家便以生产大量的幻影作为了对抗策略。战火因而垄罩了世界。然而身为王国魂之炼金术师的你，该如何避免被这场战争吞噬…