《最终幻想9》的剧情是王国的女王利用召唤兽对他国发动战争，而亚历山大的公主嘉妮特却竭力阻止母亲，准备绑架公主的盗贼团莫名其妙地成为了“自愿被绑架”的公主的随从，之后，王国骑士、黑魔导士、邻国的龙骑士、召唤使、亡命的佣兵等不同出身的人也阴差阳错地加入了冒险中。这支看起来一点也不靠谱的冒险队伍，却揭示了整个星球最深层的危机，所有一切计划都是古老星球“提拉”的管理者加兰多策划的，目的是让提拉吞并盖亚，最终他还是被自己制造的人造人库加背叛，而库加背后居然还有一个更为深层的恐怖。